在阿罗拉地区收到了冠军大赛邀请函的他，带着阿罗拉的伙伴们和好搭档皮卡丘回到了关都真新镇。    好久不见，小霞。    好久不见，小智。    一项项黑色的阴谋在他们的周围展开。    由神奇宝贝联盟所属的神秘组织正对抗着新出现的黑暗势力――孤影团。    原来，他和她早就是组织的一员了。    同样是护法。    她对他的感情埋在心底。    而他虽然经过了训练，却依然不懂情为何物。    究竟，这样的两个人，如何交织出一个完美的故事？